lnu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Förekomst av aviärt influensavirus bland vilda fåglar provtagna vid Ottenby fågelstation under 2017: Detektion och fylogenetisk analys av neuraminidas subtyp 6-virus
Linnéuniversitetet, Fakulteten för Hälso- och livsvetenskap (FHL), Institutionen för kemi och biomedicin (KOB).
2018 (Svenska)Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [sv]

Aviärt influensavirus (AIV) delas in i olika subtyper baserat på två glykoprotein på ytan. Hos fåglar finns 16 subtyper av hemagglutinin (H) och nio subtyper av neuraminidas (N). Vissa H-subtyper kan mutera till högpatogena virus som orsakar dödliga infektioner. Ett sådant högpatogent H5N6-virus rapporterades i norra Europa under 2017. Utbredning av H5 från högpatogena AIV är väl kartlagda. För detektion av neuraminidas hos AIV används omvänd transkription följt av realtids polymeraskedjereaktion (RT-qPCR) genom syntes av komplementärt DNA följt av amplifiering och detektion med fluorescerande prob. Sangersekvensering av neuraminidaskodande gensegment används för att verifiera resultat från RT-qPCR-screening samt för analys av fylogenetisk släktskap. För att bidra med information om neuraminidas subtyp 6 utfördes RT-qPCR-analys på 282 AIV-positiva prover från vilda fåglar, provtagna vid Ottenby fågelstation under 2017. Gensegmenten som kodade för hemaglutinin och neuraminidas hos virus i N6-positiva prov sekvenserades för att validera resultaten från N6-RT-qPCR, bestämma H-subtyp och för att analysera fylogenetisk släktskap mellan N6-sekvenser. RT-qPCR resulterade i 37 N6-positiva prover där 26 av dessa konfirmerades som N6 med traditionell PCR och sekvensering. AIV från analysen förekom i subtypkonstellationerna: 14 H1N6, tre H3N6, åtta H4N6 och ett H5N6. Tre prover gav ingen H-subtyp, tre andra prover gav ingen N6-sekvens. Detekterad H5N6 var lågpatogen. Den fylogenetiska analysen visade att AIV N6-sekvenser från Ottenby, tillsammans med sekvenser från GenBank, bildade fyra olika genotyper. N6-sekvenser från två av virusen från denna studien, tillhörande subtyperna H3N6 och H1N6 i bildade genotyp två tillsammans med fyra H5N6-virus från Japan som möjligen är högpatogena.

Abstract [en]

Avian influenza virus (AIV) is divided into subtypes based on two glycoproteins on its surface. Among birds there are 16 subtypes of hemagglutinin (H) and 9 subtypes of neuraminidase (N). Some H subtypes can mutate into highly pathogenic viruses and cause deadly infections. One such highly pathogenic virus was reported in northern Europe in 2017. Spread amongst highly pathogenic H5 is well mapped out. Reverse transcription followed by amplification in real time is used to detect neuraminidase in AIV, based on synthesis of complementary DNA, which gets amplified and detected using fluorescent probe. Sanger sequencing of neuraminidase coding gene segments is used to verify the results from RT-qPCR screening and analysing phylogenetic relationship. To contribute with knowledge about neuraminidase subtype 6, RT-qPCR analysis was used on 282 AIV positive samples from wild birds, sampled at Ottenby bird station in 2017. Gene segments coding for hemaglutinin and neuraminidase among viruses in N6 positive samples was sequenced to validate the N6-RT-qPCR analyses, determine H subtype and to analyse phylogenetic relationship among N6-sequences. The RT-qPCR resulted in 37 N6 positive samples where 26 of these was confirmed as N6 with traditional PCR and sequencing. AIV from the analyses occurred in subtype constellations of: 14 H1N6, 3 H3N6, 8 H4N6 and 1 H5N6. Three samples failed to give H subtype, three different samples gave no N6 sequence. Detected H5N6 was low pathogenic. The phylogenetic analysis showed that AIV N6 sequences from Ottenby, in tandem with sequences from GenBank, formed four genotypes. N6 sequences from two viruses sequenced in this study, associated with subtypes H3N6 and H1N6 formed genotype two, together with four H5N6, possibly high pathogenic viruses from Japan.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018. , s. 23
Nyckelord [sv]
Aviärt influensavirus, realtids PCR, neuraminidas 6, H5N6, fylogenetisk analys
Nationell ämneskategori
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-75754OAI: oai:DiVA.org:lnu-75754DiVA, id: diva2:1217519
Ämne / kurs
Biomedicinsk laboratorievetenskap
Utbildningsprogram
Biomedicinska analytikerprogrammet, 180 hp
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2018-06-14 Skapad: 2018-06-13 Senast uppdaterad: 2018-06-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Dagsberg, Jacob
Av organisationen
Institutionen för kemi och biomedicin (KOB)
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 78 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf