lnu.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Förekomst av aviärt influensavirus bland vilda fåglar provtagna vid Ottenby fågelstation under 2017: Detektion och fylogenetisk analys av neuraminidas subtyp 6-virus
Linnaeus University, Faculty of Health and Life Sciences, Department of Chemistry and Biomedical Sciences.
2018 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [sv]

Aviärt influensavirus (AIV) delas in i olika subtyper baserat på två glykoprotein på ytan. Hos fåglar finns 16 subtyper av hemagglutinin (H) och nio subtyper av neuraminidas (N). Vissa H-subtyper kan mutera till högpatogena virus som orsakar dödliga infektioner. Ett sådant högpatogent H5N6-virus rapporterades i norra Europa under 2017. Utbredning av H5 från högpatogena AIV är väl kartlagda. För detektion av neuraminidas hos AIV används omvänd transkription följt av realtids polymeraskedjereaktion (RT-qPCR) genom syntes av komplementärt DNA följt av amplifiering och detektion med fluorescerande prob. Sangersekvensering av neuraminidaskodande gensegment används för att verifiera resultat från RT-qPCR-screening samt för analys av fylogenetisk släktskap. För att bidra med information om neuraminidas subtyp 6 utfördes RT-qPCR-analys på 282 AIV-positiva prover från vilda fåglar, provtagna vid Ottenby fågelstation under 2017. Gensegmenten som kodade för hemaglutinin och neuraminidas hos virus i N6-positiva prov sekvenserades för att validera resultaten från N6-RT-qPCR, bestämma H-subtyp och för att analysera fylogenetisk släktskap mellan N6-sekvenser. RT-qPCR resulterade i 37 N6-positiva prover där 26 av dessa konfirmerades som N6 med traditionell PCR och sekvensering. AIV från analysen förekom i subtypkonstellationerna: 14 H1N6, tre H3N6, åtta H4N6 och ett H5N6. Tre prover gav ingen H-subtyp, tre andra prover gav ingen N6-sekvens. Detekterad H5N6 var lågpatogen. Den fylogenetiska analysen visade att AIV N6-sekvenser från Ottenby, tillsammans med sekvenser från GenBank, bildade fyra olika genotyper. N6-sekvenser från två av virusen från denna studien, tillhörande subtyperna H3N6 och H1N6 i bildade genotyp två tillsammans med fyra H5N6-virus från Japan som möjligen är högpatogena.

Abstract [en]

Avian influenza virus (AIV) is divided into subtypes based on two glycoproteins on its surface. Among birds there are 16 subtypes of hemagglutinin (H) and 9 subtypes of neuraminidase (N). Some H subtypes can mutate into highly pathogenic viruses and cause deadly infections. One such highly pathogenic virus was reported in northern Europe in 2017. Spread amongst highly pathogenic H5 is well mapped out. Reverse transcription followed by amplification in real time is used to detect neuraminidase in AIV, based on synthesis of complementary DNA, which gets amplified and detected using fluorescent probe. Sanger sequencing of neuraminidase coding gene segments is used to verify the results from RT-qPCR screening and analysing phylogenetic relationship. To contribute with knowledge about neuraminidase subtype 6, RT-qPCR analysis was used on 282 AIV positive samples from wild birds, sampled at Ottenby bird station in 2017. Gene segments coding for hemaglutinin and neuraminidase among viruses in N6 positive samples was sequenced to validate the N6-RT-qPCR analyses, determine H subtype and to analyse phylogenetic relationship among N6-sequences. The RT-qPCR resulted in 37 N6 positive samples where 26 of these was confirmed as N6 with traditional PCR and sequencing. AIV from the analyses occurred in subtype constellations of: 14 H1N6, 3 H3N6, 8 H4N6 and 1 H5N6. Three samples failed to give H subtype, three different samples gave no N6 sequence. Detected H5N6 was low pathogenic. The phylogenetic analysis showed that AIV N6 sequences from Ottenby, in tandem with sequences from GenBank, formed four genotypes. N6 sequences from two viruses sequenced in this study, associated with subtypes H3N6 and H1N6 formed genotype two, together with four H5N6, possibly high pathogenic viruses from Japan.

Place, publisher, year, edition, pages
2018. , p. 23
Keywords [sv]
Aviärt influensavirus, realtids PCR, neuraminidas 6, H5N6, fylogenetisk analys
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-75754OAI: oai:DiVA.org:lnu-75754DiVA, id: diva2:1217519
Subject / course
Biomedical Laboratory Science
Educational program
Biomedical Laboratory Science Programme, 180 credits
Supervisors
Examiners
Available from: 2018-06-14 Created: 2018-06-13 Last updated: 2018-06-14Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text in DiVA

Search in DiVA

By author/editor
Dagsberg, Jacob
By organisation
Department of Chemistry and Biomedical Sciences
Biomedical Laboratory Science/Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 73 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf