lnu.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Echovirus 5: infectious transcripts and complete nucleotide sequence from uncloned cDNA
University of Kalmar, School of Pure and Applied Natural Sciences.ORCID iD: 0000-0003-3841-4826
University of Kalmar, School of Pure and Applied Natural Sciences.
University of Kalmar, School of Pure and Applied Natural Sciences.
1999 (English)In: Virus Research, ISSN 0168-1702, Vol. 59, no 1, p. 75-87Article in journal (Refereed) Published
Abstract [en]

Echovirus 5 (EV5) may be isolated from various neurological and exanthematic diseases. To determine the relationship of EV5 to other enteroviruses and for studies of its interactions with the target cell, the complete nucleotide sequence of EV5 was determined. Three overlapping fragments, collectively representing the complete genome, were amplified with RT–PCR and sequenced. Analysis of the EV5 sequence revealed a typical enterovirus-like organization of the genome. To verify that the cDNA generated sequence was derived from infectious viruses, complete EV5 genomes were amplified in one amplicon by long distance PCR. Transfection of in vitro transcribed RNA from these amplicons into cell cultures resulted in replicating EV5. Comparison of the overall nucleotide and amino acid sequences demonstrates that EV5 can be regarded as a coxsackievirus B-like enterovirus. Variable sequences between EV5 and the well characterized coxsackievirus B3 (CVB3) are for the most part observed for amino acid residues that correspond to exposed sequences in the CVB3 capsid. This observation indicates that the reported EV5 strain recently diverged from group B coxsackieviruses.

Place, publisher, year, edition, pages
1999. Vol. 59, no 1, p. 75-87
Keywords [en]
Picornavirus, Enterovirus, Sequence analysis, EV5; PCR, 5′-RACE, 3′-RACE, In vitro transcription, Transfection
National Category
Microbiology in the medical area Microbiology in the medical area
Research subject
Biomedical Sciences, Virology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:hik:diva-649DOI: 10.1016/S0168-1702(98)00127-0OAI: oai:DiVA.org:hik-649DiVA, id: diva2:1906
Available from: 2007-12-18 Created: 2009-09-17 Last updated: 2018-01-13Bibliographically approved
In thesis
1. Genomic Organization and Capsid Architecture of Ljungan Virus: a Novel Member of the Picornaviridae
Open this publication in new window or tab >>Genomic Organization and Capsid Architecture of Ljungan Virus: a Novel Member of the Picornaviridae
2002 (English)Doctoral thesis, comprehensive summary (Other academic)
Abstract [sv]

Ljungan virus är ett virus som isolerades i Sverige i mitten på nittiotalet. Under perioden 1989-1992 avled flera svenska elitorienterare plötsligt i hjärtmuskelinflammation. Man misstänkte att orienterarna kunde ha utsatts för en vektorburen infektion eftersom de exponeras för djur som finns i skog och mark under träning och tävling. Det är sedan tidigare känt att sorkar är den naturliga reservoaren för ett annat virus (Puumala virus) som kan orsaka njurskada hos människor. Sorkantalet i vissa delar av Sverige varierar kraftigt från år till år i ett cykliskt förlopp. Man fann ett samband mellan antalet sorkar och förekomsten av hjärtmuskelinflammation, typ 1 diabetes och Guillain-Barre's syndrom vilket ledde till att ett tidigare okänt virus, Ljungan virus, kunde isoleras från sorkar. Detta virus är ett litet RNA-virus som tillhör familjen Picornavirus. Till denna familj hör också flera kända virus såsom många av våra vanligt förekommande förkylningsvirus, men också virus som kan orsaka svåra sjukdomar, till exemel poliovirus och mul- och klövsjukevirus.

Ljungan virus är ett nyupptäckt virus och därför är kunskapen om viruset begränsad. För att öka vår förståelse om viruset så har arvsmassan för tre svenska isolat (87-012, 174F och 145SL) av Ljungan virus kartlagts (artikel IV). Denna studie visade att Ljungan virusets arvmassa har flera unika egenskaper. Släktskapstudier visade att Ljungan virus är endast avlägset släkt med redan kända picornavirus och viruset bör därför utgöra en egen undergrupp i familjen (artikel III). Med kunskap om Ljungan virusets arvsmassa så var det möjligt att visa att Ljungan virus förekommer även på andra ställen än i Sverige (artikel VI). I mitten på 60-talet isolerades ett virus, M1146, från sork som fångats i Oregon, USA. Baserat på egenskaper hos proteinhöljet (kapsiden) så antog man då att M1146 var ett picornavirus. Studier av arvsmassan för detta virus visade att M1146 är närmast besläktat med de svenska Ljungan virus isolaten och har samma unika egenskaper i sin arvsmassa (artikel VI). Dessa studier har varit möjliga eftersom vi tidigare har utvecklat en metod för att producera stora mängder av hela arvsmassan (artikel I och II).

Slutligen har det proteinhölje som innesluter och skyddar Ljungan virusets arvsmassa studerats (artikel V). Dessa studier visade att kapsiden är uppbyggd av tre proteiner och inte fyra som hos de flesta picornavirus. Dessa studier underlättades av att en enkel och effektiv metod för att odla Ljungan virus i provröret har utvecklats (artikel V). Sammantaget så har dessa studier försett oss med nya kunskaper om Ljungan virus som möjliggör fortsatta studier av dess biologi och eventuella förmåga att orsaka sjukdom hos människor och djur.

Series
Dissertation series / University of Kalmar, Faculty of Natural Science, ISSN 1650-2779 ; 3
National Category
Microbiology in the medical area
Research subject
Biomedical Sciences, Virology
Identifiers
urn:nbn:se:hik:diva-46 (URN)91-89584-03-1 (ISBN)
Public defence
2002-10-27, 00:00 (English)
Opponent
Supervisors
Available from: 2007-12-18 Created: 2007-12-18 Last updated: 2018-01-13

Open Access in DiVA

No full text in DiVA

Other links

Publisher's full textLänk till fulltext

Authority records

Lindberg, A. Michael

Search in DiVA

By author/editor
Lindberg, A. Michael
By organisation
School of Pure and Applied Natural Sciences
Microbiology in the medical areaMicrobiology in the medical area

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetric score

doi
urn-nbn
Total: 155 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf