lnu.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Utvärdering av SimplexaTM – ett helautomatiserat realtids-PCR-baserat system för snabb analys av Clostridium difficile, influensa A, influensa B och respiratoriskt syncytialvirus
Linnaeus University, Faculty of Health and Life Sciences, Department of Chemistry and Biomedical Sciences.
2013 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [sv]

En snabb diagnostik av infektioner orsakade av Clostridium difficile, influensavirus och respiratoriskt syncytialvirus (RSV) är viktig för att minska spridningen av dessa sjukdomar mellan patienter. Vid Länssjukhuset i Kalmar påvisas C. difficile toxiner med enzymkopplad immunoanalys (EIA) vilket kompletteras med odling. Den låga känsligheten hos EIA samt tidskrävande odling gör att det behövs snabbare och känsligare metoder. Influensavirus och RSV diagnostik i Kalmar innefattar en separat extraktion av virusets nukleinsyror med detektion i realtids-PCR. Det separata extraktionssteget förlänger tiden till resultat och ökar risken för kontaminering. SimplexaTM, ett helautomatiserat realtids-PCR-baserat system där ingen separat extraktion krävs, skulle kunna effektivisera diagnostiken. Syftet med studien var att utvärdera SimplexaTM för detektion av C. difficile, influensa A, influensa B samt RSV. Resultaten från SimplexaTM jämfördes med resultat från analysmetoderna som används i Kalmar, det vill säga referensmetoderna. Vid SimplexaTM detektion av toxin B (tcdB) - gen hos C. difficile användes 50 feces-prover medan till detektion av matrix-gener hos influensavirus och RSV användes 50 nasopharynxaspirat-prover. Provförberedelserna och analysen utfördes enligt tillverkarens instruktioner. Simplexa-metoden kunde inte detektera C. difficile i fyra prover som var positiva med den metod som används av sjukhuset idag vilket innebär en känslighet på 87.5 %. Dessutom gav Simplexa positivt svar för C. difficile i tre prover som var negativa med referensmetoden vilket ledde till 83.3 % specificitet. Vid påvisande av influensa A/B och RSV bestämdes Simplexa-metodens specificitet till 100 %. Sensitiviteten var något lägre; 84.6 % för influensa A, 78.5 % för influensa B, 85.7 % för RSV. Simplexa-metoden gav i medeltal signifikant (p < 0.05) högre Ct-värden enligt Wilcoxon-teckenrangtest för alla tre virus. Detta medförde att positiva prover som gav höga Ct-värden i referensmetoden blev negativa i Simplexa. Detektion av C. difficile, influensavirus och RSV med SimplexaTM hade dock en kort analystid (cirka 1 timme) och var lätt att hantera jämfört med den tidigare metoden. Samma sak gällde C. difficile-analysen. Studien har visat att SimplexaTM hade en relativt bra känslighet och specificitet. Den är också billigare för diagnostik av influensa och RSV. Simplexa-metoden kan därför vara ett intressant framtida alternativ för diagnostik av dessa vårdrelaterade infektioner.

Abstract [en]

A rapid diagnosis of infections caused by Clostridium difficile, influenza and respiratory syncytial virus (RSV) is important to reduce the transmission of these diseases among patients. At Kalmar County Hospital C. difficile is diagnosed by detection av C. difficile toxin using enzyme-linked immunoassay (EIA) supplemented by cultivation. The low sensitivity of the EIA and time-consuming cultivation calls for faster and more sensitive methods. Influenza and RSV diagnosis used in Kalmar includes a separate extraction step of viral nucleic acids and detection with real time-PCR. The separate extraction step prolongs the time to get results and increases the risk of contamination. SimplexaTM, a fully automated real- time PCR-based system without any need for separate extraction, could lead to more effective diagnostics. The aim of this study was to evaluate the Simplexa-method for detection of C. difficile, influenza A, influenza B and RSV. The results from SimplexaTM were compared with the results obtained with the analytical reference methods used in Kalmar County Hospital. For SimplexaTM detection of toxin B (tcdB) -gene in C. difficile, 50 faeces samples were used while for the detection of matrix genes of influenza and RSV, 50 nasopharynxaspirate samples were used. Sample preparation and analysis were performed according to the manufacturer's instructions. Simplexa-method did not detect C. difficile in four samples that were positive in the reference method resulting in a sensitivity 87.5 %. Furthermore, Simplexa detected C. difficile in three samples that were negative in the reference method, giving 83.3 % specificity. The specificity for influenza A/B and RSV was determined to be 100 % by Simplexa. The sensitivity was slightly lower, 84.6 % for influenza A, 78.5 % for influenza B, 85.7 % for RSV. Simplexa-method yielded on average significantly (p <0.05) higher Ct-values according to the Wilcoxon signed- rank test for all three viruses. This is probably why the positive samples with high Ct-values in the reference method were negative in the Simplexa-method. However, SimplexaTM detection of C. difficile, influenza and RSV offers a short analysis time (approximately 1 hour) and is easy to use compared to the reference method. The study has shown that SimplexaTM has a relatively good sensitivity and specificity. It is also cheaper for the diagnosis of influenza and RSV. Simplexa may therefore become an interesting future option for the diagnosis of these nosocomial infections.

Place, publisher, year, edition, pages
2013. , 25 p.
Keyword [en]
Clostridium difficile, influenza A, influenza B, respiratory syncytial virus, real-time PCR, Simplexa
Keyword [sv]
Clostridium difficile, influensa A, influensa B, respiratoriskt syncytialvirus, realtids-PCR, Simplexa
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-27697OAI: oai:DiVA.org:lnu-27697DiVA: diva2:638313
External cooperation
Avdelningen för klinisk mikrobiologi och vårdhygen, Länssjukhuset i Kalmar
Subject / course
Biomedical Sciences
Educational program
Biomedical Laboratory Science Programme, 180 credits
Supervisors
Examiners
Available from: 2013-07-30 Created: 2013-07-29 Last updated: 2013-07-30Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text

Search in DiVA

By author/editor
Turbak, Karolina
By organisation
Department of Chemistry and Biomedical Sciences
Biomedical Laboratory Science/Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 126 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf