lnu.sePublikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Echovirus 5: infectious transcripts and complete nucleotide sequence from uncloned cDNA
Högskolan i Kalmar, Naturvetenskapliga institutionen.ORCID-id: 0000-0003-3841-4826
Högskolan i Kalmar, Naturvetenskapliga institutionen.
Högskolan i Kalmar, Naturvetenskapliga institutionen.
1999 (engelsk)Inngår i: Virus Research, ISSN 0168-1702, Vol. 59, nr 1, s. 75-87Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

Echovirus 5 (EV5) may be isolated from various neurological and exanthematic diseases. To determine the relationship of EV5 to other enteroviruses and for studies of its interactions with the target cell, the complete nucleotide sequence of EV5 was determined. Three overlapping fragments, collectively representing the complete genome, were amplified with RT–PCR and sequenced. Analysis of the EV5 sequence revealed a typical enterovirus-like organization of the genome. To verify that the cDNA generated sequence was derived from infectious viruses, complete EV5 genomes were amplified in one amplicon by long distance PCR. Transfection of in vitro transcribed RNA from these amplicons into cell cultures resulted in replicating EV5. Comparison of the overall nucleotide and amino acid sequences demonstrates that EV5 can be regarded as a coxsackievirus B-like enterovirus. Variable sequences between EV5 and the well characterized coxsackievirus B3 (CVB3) are for the most part observed for amino acid residues that correspond to exposed sequences in the CVB3 capsid. This observation indicates that the reported EV5 strain recently diverged from group B coxsackieviruses.

sted, utgiver, år, opplag, sider
1999. Vol. 59, nr 1, s. 75-87
Emneord [en]
Picornavirus, Enterovirus, Sequence analysis, EV5; PCR, 5′-RACE, 3′-RACE, In vitro transcription, Transfection
HSV kategori
Forskningsprogram
Biomedicinsk vetenskap, Virologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:hik:diva-649DOI: 10.1016/S0168-1702(98)00127-0OAI: oai:DiVA.org:hik-649DiVA, id: diva2:1906
Tilgjengelig fra: 2007-12-18 Laget: 2009-09-17 Sist oppdatert: 2018-01-13bibliografisk kontrollert
Inngår i avhandling
1. Genomic Organization and Capsid Architecture of Ljungan Virus: a Novel Member of the Picornaviridae
Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Genomic Organization and Capsid Architecture of Ljungan Virus: a Novel Member of the Picornaviridae
2002 (engelsk)Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
Abstract [sv]

Ljungan virus är ett virus som isolerades i Sverige i mitten på nittiotalet. Under perioden 1989-1992 avled flera svenska elitorienterare plötsligt i hjärtmuskelinflammation. Man misstänkte att orienterarna kunde ha utsatts för en vektorburen infektion eftersom de exponeras för djur som finns i skog och mark under träning och tävling. Det är sedan tidigare känt att sorkar är den naturliga reservoaren för ett annat virus (Puumala virus) som kan orsaka njurskada hos människor. Sorkantalet i vissa delar av Sverige varierar kraftigt från år till år i ett cykliskt förlopp. Man fann ett samband mellan antalet sorkar och förekomsten av hjärtmuskelinflammation, typ 1 diabetes och Guillain-Barre's syndrom vilket ledde till att ett tidigare okänt virus, Ljungan virus, kunde isoleras från sorkar. Detta virus är ett litet RNA-virus som tillhör familjen Picornavirus. Till denna familj hör också flera kända virus såsom många av våra vanligt förekommande förkylningsvirus, men också virus som kan orsaka svåra sjukdomar, till exemel poliovirus och mul- och klövsjukevirus.

Ljungan virus är ett nyupptäckt virus och därför är kunskapen om viruset begränsad. För att öka vår förståelse om viruset så har arvsmassan för tre svenska isolat (87-012, 174F och 145SL) av Ljungan virus kartlagts (artikel IV). Denna studie visade att Ljungan virusets arvmassa har flera unika egenskaper. Släktskapstudier visade att Ljungan virus är endast avlägset släkt med redan kända picornavirus och viruset bör därför utgöra en egen undergrupp i familjen (artikel III). Med kunskap om Ljungan virusets arvsmassa så var det möjligt att visa att Ljungan virus förekommer även på andra ställen än i Sverige (artikel VI). I mitten på 60-talet isolerades ett virus, M1146, från sork som fångats i Oregon, USA. Baserat på egenskaper hos proteinhöljet (kapsiden) så antog man då att M1146 var ett picornavirus. Studier av arvsmassan för detta virus visade att M1146 är närmast besläktat med de svenska Ljungan virus isolaten och har samma unika egenskaper i sin arvsmassa (artikel VI). Dessa studier har varit möjliga eftersom vi tidigare har utvecklat en metod för att producera stora mängder av hela arvsmassan (artikel I och II).

Slutligen har det proteinhölje som innesluter och skyddar Ljungan virusets arvsmassa studerats (artikel V). Dessa studier visade att kapsiden är uppbyggd av tre proteiner och inte fyra som hos de flesta picornavirus. Dessa studier underlättades av att en enkel och effektiv metod för att odla Ljungan virus i provröret har utvecklats (artikel V). Sammantaget så har dessa studier försett oss med nya kunskaper om Ljungan virus som möjliggör fortsatta studier av dess biologi och eventuella förmåga att orsaka sjukdom hos människor och djur.

Serie
Dissertation series / University of Kalmar, Faculty of Natural Science, ISSN 1650-2779 ; 3
HSV kategori
Forskningsprogram
Biomedicinsk vetenskap, Virologi
Identifikatorer
urn:nbn:se:hik:diva-46 (URN)91-89584-03-1 (ISBN)
Disputas
2002-10-27, 00:00 (engelsk)
Opponent
Veileder
Tilgjengelig fra: 2007-12-18 Laget: 2007-12-18 Sist oppdatert: 2018-01-13

Open Access i DiVA

Fulltekst mangler i DiVA

Andre lenker

Forlagets fulltekstLänk till fulltext

Person

Lindberg, A. Michael

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Lindberg, A. Michael
Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetric

doi
urn-nbn
Totalt: 195 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf