lnu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Guiding the Interactive Exploration of Metabolic Pathway Interconnections
Linnéuniversitetet, Fakultetsnämnden för naturvetenskap och teknik, Institutionen för datavetenskap, fysik och matematik, DFM. (ISOVIS)ORCID-id: 0000-0001-6745-4398
Linnéuniversitetet, Fakultetsnämnden för naturvetenskap och teknik, Institutionen för datavetenskap, fysik och matematik, DFM. (ISOVIS)ORCID-id: 0000-0002-0519-2537
2012 (Engelska)Ingår i: Information Visualization, ISSN 1473-8716, E-ISSN 1473-8724, Vol. 11, nr 2, s. 136-150Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Approaches to investigate biological processes have been of strong interest in the past few years and are thefocus of several research areas, especially Systems Biology. Biochemical networks as representations ofprocesses are very important for a comprehensive understanding of living beings. Drawings of these networksare often visually overloaded and do not scale. A common solution to deal with this complexity is to divide thecomplete network, for example, the metabolism, into a large set of single pathways that are hierarchicallystructured. If those pathways are visualized, this strategy generates additional navigation and explorationproblems as the user loses the context within the complete network.

In this article, we present a general solution to this problem of visualizing interconnected pathways anddiscuss it in context of biochemical networks. Our new visualization approach supports the analyst in obtainingan overview to related pathways if they are working within a particular pathway of interest. By usingglyphs, brushing, and topological information of the related pathways, our interactive visualization is ableto intuitively guide the exploration and navigation process, and thus the analysis processes too. To deal withreal data and current networks, our tool has been implemented as a plugin for the VANTED system.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
SAGE Publications , 2012. Vol. 11, nr 2, s. 136-150
Nyckelord [en]
network visualization, biochemical networks, navigation, glyphs
Nationell ämneskategori
Datavetenskap (datalogi) Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Forskningsämne
Data- och informationsvetenskap, Datavetenskap; Data- och informationsvetenskap; Datavetenskap, Informations- och programvisualisering
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-13919DOI: 10.1177/1473871611405677ISI: 000303622600004Scopus ID: 2-s2.0-84871727664OAI: oai:DiVA.org:lnu-13919DiVA, id: diva2:437185
Tillgänglig från: 2011-08-26 Skapad: 2011-08-26 Senast uppdaterad: 2021-05-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

Jusufi, IlirKerren, Andreas

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Jusufi, IlirKerren, Andreas
Av organisationen
Institutionen för datavetenskap, fysik och matematik, DFM
I samma tidskrift
Information Visualization
Datavetenskap (datalogi)Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 406 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf