Molecular sexing and species determination of the Sylvia cantillans complex.
2022 (English)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE credits
Student thesis
Abstract [en]
Abstract
The Sylvia cantillans complex is a collection of closely related passerine birds including three species (S. cantillans, S. subalpina and S. inornata) that are further subdivided into four subspecies (S. c. cantillans, S. c. albistriata, S. i. inornata, S. i. iberiae). All taxa in the complex are morphologically similar and difficult to discern from each other based on plumage. Furthermore, sexing birds is also difficult as females and males without breeding plumage are almost identical. In this study I used molecular methods to identify S. cantillans complex birds in order to compare field-based and molecular observations. DNA was extracted from a set of feathers collected from S. cantillans complex birds from Italy to determine species, based on mitochondrial gene cytochrome b sequences. The sex was determined using PCR amplicon profiles of CHD1W and CHD1Z genes that differ in size between males and females. The cytochrome b amplification was successful in all feathers and CHD1W and CHD1Z in all but two. The molecular work was compared with the results of phenotypic identification made by ringers and expert ornithologists. The experts on average, identified the correct species in 51% of the warblers, and sex 66% and 64% for females and males respectively. This highlights that molecular methods are highly effective to determine species and sex and that they are more reliable than identification by plumage alone. This is important to keep in mind in studies of diversity and conservation to avoid underestimating the number of species and the sex of individuals involved, which might cause more harm than good.
Abstract [sv]
Sammanfattning
Artkomplexet Sylvia cantillans är en grupp nära besläktade tättingar som klassificeras som tre arter (S. cantillans, S. subalpina och S. inornata). S. cantillans och S. inornata delas vidare in i två underarter vardera, S. c. cantillans, S. c. albistriata, S. i. inornata och S. i. iberiae. Det är mycket svårt att skilja de olika arterna åt då deras fjäderdräkt är mycket snarlika. Även att könsbestämma fåglarna i fält är mycket komplicerat då honor och hanar utan full sommardräkt är nästan identiska. I denna studie har jag använt molekylära metoder för att identifiera fåglar i S. cantillans komplexet som fångats i Italien för att jämföra med identifiering utförd i fält och från fotografier. DNA extraherades från fjädrar och art bestämdes genom analys av den mitokondriella cytochrome b-genen. Fåglarnas kön bestämdes genom analys av de könsbundna generna CHD1W och CHD1Z som skiljer sig åt hos honor och hanar. Experterna som baserade sina resultat på fjäderdräkt identifierade rätt art i genomsnitt i 51% av fåglarna. Vidare jämförelse visade att 66 % av honor var korrekt könsbestämda i fält och från fotografier, medan andelen korrekt bestämda hanar var 64%. Dessa resultat visar att molekylära metoder är mycket effektiva för att bestämma art och kön och att de är mer pålitliga än identifiering som bara är baserad på fjäderdräkt. Detta är viktigt att tänka på för att undvika att underskatta antalet arter och könet på individer vid planerande av till exempel bevarandestrategier.
Place, publisher, year, edition, pages
2022. , p. 18
Keywords [en]
Cryptic species
Keywords [la]
Sylvia cantillans
National Category
Biological Systematics Natural Sciences
Identifiers
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-117971OAI: oai:DiVA.org:lnu-117971DiVA, id: diva2:1723239
Subject / course
Biology
Educational program
Biology Programme, 180 credits
Supervisors
Examiners
2023-01-032023-01-022023-01-03Bibliographically approved