Salmonella hos skrattmås (Chroicocephalus ridibundus): Detektion via molekylärbiologisk och odlingsbaserad screening
2023 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE credits
Student thesisAlternative title
Brown-headed gulls with Salmonella : Detection via molecular biological and culture-based screening (English)
Abstract [en]
Salmonella can cause serious illness in humans, and it is therefore important to investigate how common the bacteria are in human’ surroundings. Salmonella has many host animals and carriers. Wild birds like gulls are one example of a Salmonella carrier. Firstly, the aim of this thesis was to detect and analyze the presence of Salmonella in stool samples from brown-headed gulls with qPCR screening. The stool samples were collected from different places in Kalmar during March-July 2022. Secondly, this thesis aimed to use culture-based screening of the positive Salmonella findings. A third aim was to screen the samples which were taken from places where the presence of humans is most common. The screening for Salmonella was carried out through qPCR analysis (real time PCR) of groups of feces samples and culture-based methods on individual feces samples. qPCR was used to screen for Salmonella in pooled samples. Stool samples were inoculated in buffered peptone water and subcultivated on Xylose Lysine Deoxycholate solid media (XLD solid media) and Brilliant Green solid media (BG solid media). In the qPCR analysis of the pooled stool samples Salmonella was detected in two pools. In subsequent qPCR-analysis of the individual samples from one pool, one positive sample was found. An extended screening was carried out on the Salmonella positive sample using Rappaport selective broth and buffered peptone water on XLD solid media, DC solid media, BG solid media, UriSelect solid media, UriSelect solid media with vancomycin and Modified Semisolid Rappaport Vassiliadis solid media (MSRV solid media). Bacterial colonies suspected of being Salmonella were analyzed with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). The bacterial cultures were Salmonella negative and a conclusion of this thesis is that PCR-analysis is much more sensitive than bacterial cultivation for Salmonella detection.
Abstract [sv]
Salmonella kan orsaka en allvarlig sjukdom hos människor och det är därför viktigt att se hur vanligt förekommande Salmonella är i människors omgivning. Det finns många värddjur och bärare av bakterierna. Ett exempel på en bärare av Salmonella är vilda fåglar såsom måsfåglar. Syftet med examensarbetet var att i första hand detektera och analysera eventuell Salmonella-förekomst hos skrattmås med qPCR-screening. Faecesproverna från skrattmås som analyserades var har insamlats från olika platser i Kalmar under mars-juli 2022. I andra hand vid positiva fynd i qPCR-screeningen utförs odlingsbaserad screening av de positiva fynden och i tredje hand screenas av prover tagna från platser där människor vanligen vistas. Screening för Salmonella utfördes via qPCR-analys (real-tids-PCR) av poolade faecesprover och odlingsbaserade metoder på individuella faecesprover. Faecesprover förodlades inför den odlingsbaserade screeningen i buffrat peptonvatten och odlades ut på Xylos lysindeoxycholatagar (XLD-agar) och Brilliant grönagar (BG-agar). Vid qPCR-screening av de poolade proverna detekterades två pooler positiva för Salmonella. Vid qPCR-analys av individuella prover från en av de två positiva poolerna, detekterades ett Salmonella-positivt prov. Vid en utökad odling odlades det från Rappaportbuljong och buffrat peptonvatten ut på XLD-agar, Deoxycholatcitratagar (DC-agar), BG-agar, UriSelect-agar, UriSelect-agar med vancomycin och Modifierad semisolid Rappaport Vassiliadis agar (MSRV-agar). Misstänkta Salmonella-kolonier från agarplattorna artbestämdes med Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). En brist i arbetet är att PCR-reagensen inte räckte till. Felkällor i arbetet är att faecesproverna har inte hanterats på rätt sätt. En annan felkälla är låg halt av Salmonella. Vid den odlingsbaserade screeningen isolerades ingen Salmonella. Slutsatsen som kan dras från detta är att qPCR-screening är en mer känslig metod än odlingsbaserad screening.
Place, publisher, year, edition, pages
2023. , p. 32
Keywords [en]
Salmonella, qPCR-screening, Culture-based screening, Brown-headed gull
Keywords [sv]
Salmonella, qPCR-screening, Odlingsbaserad screening, Skrattmås
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:lnu:diva-122213OAI: oai:DiVA.org:lnu-122213DiVA, id: diva2:1770771
External cooperation
Hanna Woksepp, Mikrobiolog, PhD
Subject / course
Biomedical Laboratory Science
Educational program
Biomedical Laboratory Science Programme, 180 credits
Supervisors
Examiners
2023-06-212023-06-192023-06-21Bibliographically approved